28 мая 2003 года в 11.00 состоялось освящение часовни во имя Пресвятой Троицы в память первого храма Санкт-Петербурга - Свято-Троицкой церкви. Чин освящения совершил митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир в сослужении с духовенством епархии. Первоначально освящение было намечено на 23 мая, но к этому дню часовня еще не была готова. Часовня построена на Троицкой площади, в сквере на пересечении Каменноостровского проспекта и Петровской набережной рядом с Петропавловской крепостью у Троицкого моста. Строительство заняло больше года после освящения закладного камня - 8 мая 2003 года.
Строительство осуществила Балтийская строительная компания по проекту архитектурного бюро "ЯК", одержавшего победу в открытом конкурсе на лучший проект храма-часовни в память о первом православном храме Санкт-Петербурга. Балтийская строительная компания известна в Санкт-Петербурге своими благотворительными акциями, среди которых строительство церкви Казанской иконы Божией Матери в Пушкинском районе и реставрация Князь-Владимирского собора на Петроградской стороне. Компания способствовала переезду Музея истории религии из Казанского собора в новое здание в Почтамтском переулке, участвовала в сооружении постамента памятника св. Александру Невскому.
Первоначально Балтийская строительная компания планировала построить на Троицкой площади большой храм (высотой 60 метров), но реализовать проект не разрешил Научный совет по охране культурного наследия при губернаторе Санкт-Петербурга.
Первый деревянный храм в честь Святой Троицы, спроектированный Доменико Трезини, был по приказу Петра I заложен в 1703 г. и освящен 10 июля 1711 года. В первые годы существования Петербурга Троицкая площадь являлась его административным, торговым и культурным центром. Здесь располагались Сенат, Коллегии, Гостиный двор. Свято-Троицкому храму был присвоен статус кафедрального, здесь Пётр I принял титул российского императора. В 1750 г. деревянный храм сгорел и на его месте в 1756 г. был построен каменный, который впоследствии перестраивался и был разрушен большевиками в 1930-е годы. В последние годы властями города рассматривался вопрос о возможности восстановления храма в прежнем виде, но после долгих дебатов было принято решение о строительстве на его месте часовни.