Специалисты института “Спецпроектреставрация” провели тщательное обследование состояния штукатурки и расчистку 18 слоев краски с целью выявления первоначального колера и изменения колеров окраски фасадов в течение XVIII-XIX вв. Затем при участии КГИОП была разработана научная методика реставрации стен с частичным воссозданием штукатурного слоя, разработкой оптимальной красочной системы. Отреставрированы также парадные дубовые двери, заменены деревянные оконные заполнения большого и малого барабанов основного купола. Воссозданы в металле и подготовлены под позолоту две деревянные скульптуры ангелов, которые будут установлены над главным входом в храм к 25 января 2003 года. На реставрацию собора было потрачено 4 млн. 205 тыс. рублей из городского бюджета. По сообщению председателя КГИОП Никиты Явейна, иконостас Андреевского собора, отреставрированный и позолоченный в 1938 году, пока находится в хорошем состоянии.
В планы КГИОП, по словам Никиты Явейна, входит “отреставрировать и находящуюся рядом с Андреевским собором церковь Трех Святителей, относящуюся к первой половине XVIII века”, а также Казанскую церковь в Царском Селе, церковь Николая Чудотворца в Павловске, подворье Оптиной пустыни и многие другие храмы города.
