Время основания обители доподлинно неизвестно. По местному преданию Николаевский монастырь был основан в 1241г. В 1240г св. Александр Невский одержал победу над шведским полководцем Биргером, в следующем, 1241 г., он разбил немецких рыцарей и взял крепость Копорье. Жители Приладожья участвовали в битвах князя и поэтому разделяли с ним и славу победы. Никольский монастырь стал священным памятником, воздвигнутым жителями Ладоги в честь этих побед.
В 1714 г. Старо-Ладожский Никольский монастырь был переведен в подчинение Александро-Невского монастыря. Эти перемены далеко не лучшим образом сказались на монастырской жизни, и вскоре обитель вовсе упразднили, настоятеля и братию перевели в Зеленецкую обитель, туда же перенесли и всё имущество.
В 1811 году с Высочайшего соизволения монастырь был вновь восстановлен и получил самостоятельность. Благочестивые жители Старой Ладоги всячески способствовали возрождению монастыря. При их активной поддержке он вскоре принял весьма благоустроенный вид
Советские годы стали самыми тяжелыми в жизни обители. Так, в первые годы советской власти последнего монаха забрали отсюда в Красную армию, В 1927 году монастырь закрыли, а на его территории разместили моторно-тракторную станцию, ремесленную школу и общежитие.
Воссоздание обители началось в 2002 году. 26 декабря 2002 года Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II благословил открытие Никольского монастыря для возрождения в нем монашеской жизни.
В этом же году Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир, привез из итальянского города Бари частицу мощей Святителя Николая Мирликийского Чудотворца. По неизреченной милости Божией один из древнейших монастырей, Санкт-Петербургской епархии обогатился великой святыней. На Руси всегда особенно почитали великого Святителя и Чудотворца. Теперь своими мощами он пребывает в Старой Ладоге.
С Никольским монастырем связано немало удивительных судеб. В юности здесь писал иконы будущий академик живописи В.М. Максимов. Некоторое время в монастыре подвизался Алексей Поликарпович Бочков, в монашестве иеромонах Антоний - человек, ранее хорошо известный в петербургских артистических кругах, друг Пушкина и Гоголя. С монастырем также связано имя А.П. Башуцкого, бывшего одно время адъютантом Санкт-Петербургского генерал-губернатора В.А. Милорадовича, смертельно раненого на Сенатской площади во время восстания декабристов.
