Накануне, 4 сентября в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры было совершено Всенощное бдение, после чего митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир в сослужении митрополита и Коломенского Ювеналия, митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла, епископа Шацкого Иосифа, викария Ярославской епархии, совершил заупокойную литию по почившем архипастыре.
На следующий день Божественную литургию в Свято-Троицком соборе возглавил митрополит Ювеналий, которому сослужили митрополит Кирилл, архиепископ Новгородский и Страрорусский Лев, епископ Тихвинский Константин и епископ Шацкий Иосиф. После литургии перед панихидой митрополит Кирилл сказал слово о почившем архипастыре, подчеркнул его заслуги перед епархией и Русской Православной Церковью. После панихиды траурная процессия направилась на Никольское кладбище Лавры, где похоронен митрополит Никодим и у могилы почившего была совершена лития. В крипте Свято-Троицкого собора состоялась поминальная трапеза.