19 апреля 2012 года, в четверг Светлой седмицы, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин малого освящения Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца, а затем возглавил в храме служение Божественной литургии.
Его Святейшеству сослужили: митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир; епископ Гатчинский Амвросий, ректор Санкт-Петербургских духовных школ; епископ Петергофский Маркелл; епископ Солнечногорский Сергий, руководитель Административного секретариата Московской Патриархии; епископ Выборгский Назарий, наместник Александро-Невской Лавры в честь Святой Троицы; схиархимандрит Илий (Ноздрин); архимандрит Мстислав (Дячина), избранный епископом Лодейнопольским; протоиерей Святослав Мельник, настоятель собора Владимирской иконы Божией Матери и Никольского Морского собора г. Кронштадта; клирики Санкт-Петербургской епархии.
В храме присутствовали: Президент Российской Федерации Д.А. Медведев; супруга Президента, председатель Попечительского совета целевой комплексной программы "Духовно-нравственная культура подрастающего поколения России" С.В. Медведева; министр транспорта РФ И.Е. Левитин; министр культуры РФ А.А. Авдеев; губернатор Санкт-Петербурга Г.С. Полтавченко; губернатор Ленинградской области В.П. Сердюков; президент ОАО "РЖД", председатель Попечительского совета Фонда святого апостола Андрея Первозванного В.И. Якунин; заместитель руководителя Администрации Президента Российской Федерации А.Д. Беглов; председатель Законодательного собрания Санкт-Петербурга В.А. Тюльпанов; депутаты Государственной Думы ФС РФ В.И. Ресин и Л.Э. Слуцкий; постоянный член Совета Безопасности РФ Б.В. Грызлов; главнокомандующий Военно-морским флотом РФ В.С. Высоцкий; члены Общественно-попечительского совета Кронштадтского Морского собора.
За богослужением пел хор Исаакиевского собора г. Санкт-Петербурга (регент Лев Дунаев).
К визиту Его Святейшества были воссозданы уникальные интерьеры Никольского Морского собора, а также изготовлены по первоначальным эскизам предметы церковной утвари - кадила, дарохранительницы, евхаристические сосуды, напрестольное Евангелие, использовавшиеся за Патриаршим богослужением.
Храм не смог вместить всех желающих, и для многочисленных жителей Кронштадта и военных моряков богослужение транслировалось на экранах, установленных на Якорной площади вблизи собора.
По окончании Литургии Святейший Патриарх Кирилл обратился к верующим с Первосвятительским словом, а затем вручил высокие церковные награды ряду лиц, особо потрудившихся в деле воссоздания храма военно-морской славы.
Во внимание к вкладу в дело восстановления Кронштадтского Никольского Морского собора Патриарших наград были удостоены:
С.В. Медведева - ордена Русской Православной Церкви "Славы и чести" I степени;
В.И. Ресин, депутат Государственной Думы ФС РФ, советник мэра Москвы - ордена преподобного Сергия Радонежского I степени;
О.В. Шипилова - ордена святой равноапостольной княгини Ольги I степени;
Л.Э. Слуцкий, председатель Комитета Государственной Думы по делам СНГ и связям с соотечественниками, президент международного благотворительного фонда "Кронштадтский Морской собор" - ордена преподобного Серафима Саровского I степени;